Consultation MESRI - guide CIR : contribution de l'Association des Conseils en Innovation

Le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et l’Innovation (MESRI) propose aux entreprises de lui remonter des commentaires concernant son guide du Crédit Impôt recherche. Dans le cadre de cette consultation, l'Association des Conseils en Innovation a transmis les commentaires ci-dessous.

D’un point de vue général

L’expérience des entreprises que nous accompagnons l’a encore récemment démontré, nombreuses sont les demandes d’informations sur des CIR antérieurs à l’année 2019, qui joignent la trame du Guide ministériel, parue au cours de l’année 2019.

Cette situation est anxiogène pour les destinataires de ces courriers qui ont réalisé leurs documentations techniques justificatives au fil de l’eau, en fonction des trames et exigences propres à l’année de réalisation des travaux.

Ce faisant, afin de mettre fin à cette pratique dommageable, nous proposons d’officialiser expressément la non-rétroactivité des trames insérées dans le Guide, en indiquant cette information directement sur le formulaire des trames mises à disposition par le MESRI et transmises par les organes de contrôle en cas de demande d’information.

La pérennité du succès de ce Guide, que nous utilisons au quotidien auprès des entreprises que nous accompagnons, suppose de conserver la genèse du guide : il doit rester un outil de soutien aux entreprises et non un outil pensé pour contrôler le CIR des déclarants.

Sur l’appréciation du cadre technique

Place des indicateurs R&D

Les indicateurs R&D nourrissent utilement le faisceau d’indices qui permet d’apprécier la réalité des travaux R&D menés par les entreprises. Cela étant dit, leurs absences ne doivent pas être considérées comme exclusives de l’éligibilité technique des projets menés par les déclarants.

L’indiquer expressément permettrait d’éviter des pratiques contrôles délétères.

Sur l’appréciation des critères de systématicité et reproductibilité

Même si la définition qui en est donnée dans le Guide va plutôt dans le sens de la planification et de la documentation des travaux, le terme utilisé laisse à penser qu’une R&D ponctuelle et opportuniste n’entre pas dans le champ d’application du CIR, alors que ce n’est pas le cas. Ensuite, même si on reste sur la planification et la documentation, cela fait un peu redondance avec la définition du critère de reproductibilité/transférabilité qui traite des mêmes sujets. Enfin, concernant la documentation, elle est problématique dans le domaine de l’informatique, lequel est globalement «tout Agile » aujourd’hui. Bien entendu, il faut être en capacité de fournir un justificatif technique et il est alors possible de rédiger une synthèse. Par ailleurs, il existe des outils (Trello, Github, wiki, …) et des méthodes de gestion de projet logiciel et en particulier les cycles de développement (Scrum, …) et les « tickets » ouverts sur les correctifs à apporter. En conclusion, afin d’aider les entreprises et les organes de contrôle, il faudrait pouvoir proposer un listing non exhaustif de justificatifs adaptés à chaque grande famille qui compose l’activité R&D en France.

Appréciation de la notion d’opération R&D

L’ajout de la notion d’opération de R&D, a complexifié la tâche d’identification des travaux et des phases et de justification pour les entreprises, alors même que les textes fiscaux de référence (et notamment l’article 244 quater B du Code Général des Impôts) n’a pas évolué. Nous considérons qu’il serait pertinent de revenir à un alignement des préconisations issues du Guide avec celles issues de la doctrine administrative, et qui prévoient notamment que dès lors qu’un projet est qualifié de projet de R&D, l’ensemble des opérations nécessaires à sa réalisation est considéré comme de la R&D, y compris dans le cas où ces opérations, si elles étaient prises isolément, ne constitueraient pas de la R&D.

Remontées « sectorielles »

Dans le domaine pharmaceutique

Concernant la phase 4 des essais cliniques

Il est indiqué par le guide du MESRI que la phase 4 des essais cliniques, définie comme le « suivi à long terme d’un traitement alors que le traitement est autorisé́ sur le marché́. Elle doit permettre de dépister des effets secondaires rares ou des complications tardives. Cette phase est à la charge des laboratoires » n’est pas éligible au CIR.

Cependant, les traitements, bien que mis à disposition sur le marché, sont susceptibles d’être modifiés par les entreprises, en cas de problèmes survenant sur le « long terme ». Dès lors, ces produits sont « corrigés » aux frais des entreprises.

La démarche de recherche étant assez similaire à la phase 3, éligible, nous pensons qu’il pourrait être opportun de rendre cette phase éligible au CIR.

Sur l’éligibilité des chargés d’affaires réglementaires

Il ressort de nombreux contrôles que les heures passés par les chargés d’affaires réglementaires sont retoquées par les vérificateurs au motif que leur activité est principalement administrative.

Or, l’une des missions des chargés d’affaires réglementaires, qui a généralement une formation scientifique, est d’aiguiller et d’orienter la démarche expérimentale de l’entreprise. L’activité du chargé d’affaire peut donc être très étroitement liée aux projets de recherche de l’entreprise.

Il pourrait donc être précisé dans le guide que ces chargés d’affaire ne sont pas systématiquement non-valorisables, mais que si l’entreprise parvient à prouver que leur activité a constitué un apport indispensable aux projets, alors ils peuvent être retenus pour le calcul du CIR.

D’une façon générale et par référence aux phases éligibles et non éligibles en pharmacie humaine listées en page 11 du guide, il pourrait être défini avec précisions les démarches purement administratives qui doivent être exclues.

Sur l’éligibilité des projets issus des Sciences Humaines 

A la lumière des retours d’expérience, issus des contrôles fiscaux, il apparaît que ces sciences dites « douces » subissent des a priori très négatifs quant à l’éligibilité des projets qui s’en réclament.

Concrètement, il semble qu’une section du Guide, avec indicateurs clés et des questions spécifiques, relevant de ce domaine clairement identifié comme une science à part entière, tant par les textes fiscaux, que par le Manuel de FRASCATI, serait très utile.

Nos ingénieurs et docteurs se tiennent à votre disposition pour vous travailler ensemble à la construction de référence qui soient techniques et opérationnels, adaptées à la réalité des entreprises qui mènent de tels projets.

Concernant les études de conception industrielle

A la page 18 du guide, il semble pertinent de supprimer la mention en page « À l’inverse, les travaux de conception largement axés sur les procédés de production existants ne peuvent généralement pas relever des activités de R&D ».

En effet, en pratique, cette mention jette le trouble sur la bonne compréhension des préconisations, notamment lorsqu’il est analyse en lien avec le paragraphe directement précédent (qui se suffit à lui-même).

Sur les différents postes de dépenses

Clarification de la position du guide sur les dépenses de R&D confiées à des tiers

Depuis 2015, le guide du MESRI modifie la rédaction des paragraphes qui concerne l’éligibilité de l’externalisation des dépenses de recherche.

Ainsi, il a notamment d’abord été décidé d’adopter une position extrêmement restrictive quant à l’éligibilité des dépenses confiées à un sous-traitant. Ont été sorties du champ d’application du CIR, les dépenses confiées à des sous-traitants qui ne constituaient pas des dépenses de recherche « prises isolément », exigeant la transmission d’une opération de recherche comprenant un verrou technologique ou une incertitude technique à lever/résoudre. Une telle exigence, appréciée en outre de manière rétroactive lors de contrôles, semble méconnaitre la réalité de la sous-traitance R&D en France et pénalise de fait, les PME qui ne peuvent internaliser certaines études ou analyses techniques.

En 2019, le champ d’application propre à cette typologie de dépense s’est encore réduit, puisque la dernière version en vigueur du Guide introduit deux nouvelles notions :

• la sous-traitance de capacité et la sous-traitance de spécialité.

Ces évolutions ont été décidées en dehors de tout changement du cadre législatif propre au CIR.

Problématique des travaux « nécessaires »

Le guide du ministère adopte en effet une interprétation restrictive de la sous-traitance conduisant au rejet des opérations confiées à des sous-traitants qui ne correspondraient pas à des travaux de R&D en tant que tels :

• « Les travaux sous-traités doivent correspondre à la réalisation de véritables opérations de R&D, nettement individualisées (une prestation sous-traitée qui n’est pas de la R&D n’est pas éligible au CIR même si elle est indispensable à la réalisation du projet) »^[1].

Or, une telle interprétation apparaît contradictoire avec la doctrine administrative (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30-20170405) qui propose une définition générale de l’activité de recherche éligible au sens du CIR.

Elle indique que :

• « (…) dès lors qu’un projet est qualifié de projet de R&D, l’ensemble des opérations nécessaires à sa réalisation est considéré comme de la R&D, y compris dans le cas où ces opérations, si elles étaient prises isolément, ne constitueraient pas de la R&D^[2]. »

Ainsi, il n’apparaît pas que le législateur ait souhaité traiter différemment une opération réalisée en interne ou en partie externalisée : la lecture littérale de l’article 244 quater B de l’annexe III au CGI ne laisse que peu de place à l’interprétation.

Il dispose ainsi concernant les dépenses de sous-traitance que :

• « II. – Les dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt sont : d) Les dépenses exposées pour la réalisation d'opérations de même nature confiées à : 1° Des organismes de recherche publics ;… ».

Il ressort donc clairement de la formulation de la loi, que le législateur entendait que les opérations éligibles soient définies de la même manière, qu’elles soient internes ou sous-traitées.

Cette analyse du Guide est de plus en plus systématiquement suivie par les organes de contrôle, et ce avec effet rétroactif, sur toutes les années non-prescrites, ce qui engendre une grande insécurité juridique pour les entreprises déclarantes.

Par ailleurs, au-delà de cette insécurité pratique, il apparaît que cette position crée une incohérence entre l’évaluation de la sous-traitance R&D permettant à un prestataire d’obtenir un agrément CIR auprès du MESRI, et la possibilité pour le donneur d’ordre de considérer éligibles ces mêmes prestations au titre de l’agrément obtenu par son prestataire.    

Nouvelles restrictions relatives à l’éligibilité des dépenses de sous-traitance dans le guide du MESRI 2019

Concernant la sous-traitance, le MESRI dans la version actuelle de son Guide distingue deux situations dans lesquelles le donneur d’ordre peut y recourir :

• La sous-traitance de spécialité ou complémentarité (éligible au CIR) : il s’agit du cas ou le donneur d’ordre ne dispose pas des compétences adéquates pour réaliser la prestation. Le sous-traitant doit alors assumer la coordination scientifique de la prestation de recherche ;
• La sous-traitance de capacité (non éligible au CIR) : le sous-traitant est alors un simple exécutant d’une opération définie par le donneur d’ordre, ce dernier assurant la coordination scientifique de la prestation de recherche.

Cette distinction ne ressort ni de la loi, ni de la doctrine administrative, ni de la jurisprudence.

Il est probable que cette distinction soit reprise en cas de contrôle par les vérificateurs et par le MESRI, y compris rétroactivement comme cela avait été le cas pour la problématique des activités nécessaires.

Cette nouvelle restriction de l’acceptation de la sous-traitance présente donc un risque pour les entreprises sur un poste déjà fortement challengé lors des contrôles fiscaux.

Nouvelle mesure anti-abus – sous-traitance en cascade 

Dans la dernière Loi de Finances, le législateur a souhaité intégrer une nouvelle mesure anti-abus, visant notamment à interdire toute double prise en compte d’une même dépense R&D, d’abord dans le CIR du donneur d’ordre, puis dans celui du sous-traitant de second niveau, non agréé.

La genèse de cette mesure est tout à fait logique et contribue à sécuriser les valorisations au CIR.

Cela étant dit, il est nécessaire que des précisions pratiques soient apportés, a minima dans les principaux cas de figure rencontrés (notamment dans l’hypothèse d’une cascade de sous-traitants, tous publics).

Enfin, il ne faut pas que cette nouvelle mesure fasse peser sur le donneur d’ordre une fonction de contrôle de l’activité de son/ses sous-traitant(s) R&D, une telle obligation étant incompatible avec la réalité économique.

Allègement de la lourdeur administrative liée à la justification des agréments CIR

Les entreprises souhaiteraient qu’il soit considéré que la justification de l’agrément de leurs prestataires R&D soit apportée par la démonstration de la présence de ces derniers sur la liste tenue par le MESRI sur les organismes agréés :

• si l’entreprise y figure, l’entreprise donneur d’ordre est réputée avoir apporté la preuve de l’agrément.

En effet, en pratique, il est souvent long et fastidieux de récupérer l’attestation d’agrément auprès du prestataire, ce justificatif restant nécessaire en cas de non inscription de ce dernier sur le répertoire tenu par le MESRI.

S’agissant de l’échéance pour le dépôt de la première demande d’agrément :

Le passage de juin à mars apparaît inadapté à la réalité économique que vivent les entreprises. Aussi, il est proposé de revenir sur une échéance fixée au mois de juin.

Évolution des dépenses relatives à la propriété intellectuelle

Dépenses internes de prise et de maintenance de brevets

Contrairement aux dépenses liées à la défense de brevet où les frais de personnel sont explicitement reconnus comme éligibles^[3], les dépenses internes relatives à la prise et maintenance de brevet font régulièrement l’objet de rejet de la part des services vérificateurs.

Or, ni la loi, ni la doctrine administrative, ni le guide du MESRI n’apportent de précisions sur le sujet.

Les sociétés s’entourant de personnels dédiés à la PI (ingénieur brevet par exemple) se voient donc pénalisées par rapport à des sociétés faisant le choix de confier ses travaux à des cabinets spécialisés.

Comme pour la sous-traitance, il semble indispensable que des clarifications soient apportées pour garantir une sécurité fiscale à l’ensemble des déclarants.

Concernant le brevet en tant qu’indicateur R&D

Nous proposons que les projets pour lesquels les demandes de brevets dont les caractères « d’activité inventive » et de « nouveauté » ont été partiellement ou totalement validés par les examinateurs de l’INPI, soient considérés comme éligibles au CIR.

En effet, outre le fait que ces deux critères sont tout à fait compatibles avec la définition de la R&D, cette disposition permettrait d’aboutir à un consensus basé sur avis tiers (examinateur PI), qui libérerait du temps aux Experts du MESRI et faciliterait le travail de justification du Contribuable ;

Par ailleurs, la mention suivante figurant dans le Guide (page 9) « sans toutefois tenir compte du critère essentiel de transférabilité ou de reproductivité » est critiquable en ce que le critère « d’application industrielle » (également vérifié par l’examinateur) et le fait même de breveter (c’est-à-dire in fine de rendre publique et donc d’assurer à d’autres de pouvoir reproduire les résultats obtenus puisqu’une invention doit être reproductible) sont deux facteurs totalement compatibles avec le critère de transférabilité et de reproductivité.

Dépenses de personnel

Jeune docteur créateur d’entreprises

Les créateurs d’entreprise ayant le statut jeune docteur ne se rémunèrent pas nécessairement au cours des premières années de leurs activités. Par analogie avec les suspensions prévues dans le cadre de d’un arrêt maladie ou d’un congé maternité, cette période de lancement d’activité pourrait donner lieu à un report de l’appréciation du délai de 24 mois.

La même analyse peut être menée pour reporter l’appréciation du délai de 24 mois en cas de période de chômage à temps plein (cas particulier lié à la crise sanitaire actuelle).    

• Concernant le mode de calcul de l’effectif de recherche pour le statut Jeune Docteur

Le guide pourrait préciser la méthode à utiliser pour comptabiliser les effectifs de recherche, afin de bénéficier du doublement des dépenses liées aux jeunes docteurs.

En effet, l’article 244 quater B dispose que « Lorsque ces dépenses se rapportent à des personnes titulaires d'un doctorat, au sens de l'article L. 612-7 du code de l'éducation, ou d'un diplôme équivalent, elles sont prises en compte pour le double de leur montant pendant les vingt-quatre premiers mois suivant leur premier recrutement à condition que le contrat de travail de ces personnes soit à durée indéterminée et que l'effectif du personnel de recherche salarié de l'entreprise ne soit pas inférieur à celui de l'année précédente ». Aucune méthode de comptabilisation n‘est ici indiquée.

Cette notion d’effectif de recherche n’est pas définie par les textes et les précisions apportées par la doctrine à ce sujet peuvent donner lieu à des calculs contraires à l’esprit de la loi. Le BOFiP précise en effet qu’ « Il convient de retenir le personnel de recherche titulaire d'un contrat de travail avec l'entreprise éligible au CIR visé au b du II de l'article 244 quater B du CGI, c'est à dire les chercheurs et techniciens de recherche salariés dont la rémunération et les cotisations sociales obligatoires entrent dans l'assiette du CIR (…) Il convient de comparer l'effectif moyen de l'année de l'embauche à l'effectif moyen de l'année précédente. ». Cette confusion entre effectif de recherche d’une entreprise et effectif valorisé au CIR comporte un nombre de biais important :

• Caractère cyclique de l’activité de R&D et des projets associés peut amener à avoir des variations importantes dans l’effectif valorisé au CIR sans pour autant avoir de variation de son effectif de R&D ;
• Reconnaissance du statut de technicien de recherche pour des personnels non techniques : commerciaux (CAA Paris, SAS Falguière Conseil, 07 Novembre 2013), salariés titulaires de diplômes de niveau Master en management de la responsabilité sociale des entreprises ou du développement durable et en politique économique internationale (CAA de Paris, Ecovadis, 10 Avril 2014)
• Première déclaration de CIR, ou absence de déclaration l’année précédente l’embauche du jeune docteur : comment une telle situation doit-elle être prise en compte ? En suivant l’instruction fiscale, la condition tenant au calcul de l’effectif du personnel de recherche serait nécessairement remplie ?

Dès lors, il pourrait être opportun de préciser une méthode plus sécurisante et surtout plus fidèle à la réalité de la variation des effectifs de recherche des entreprises.

Une méthode possible pourrait être d’identifier un « périmètre de R&D » (un bureau d’étude par exemple ou un certain nombre de salariés qui interviennent de façon régulière sur des projets de recherche) et de considérer que les salariés appartenant à ce périmètre constituent l’effectif de recherche.

Ainsi, si l’effectif de la société est constant ou en augmentation d’une année sur l’autre, mais que pour des raisons de cycles de R&D l’effectif valorisé est inférieur à celui de l’année précédente, cette méthode permettrait d’avoir une vision plus « objective » et plus stable de l’effectif de recherche

Sur les intérimaires

L’éligibilité du statut d’intérimaire était précisée dans une version précédente du Guide, puis en a été retirée il y a quelques années. Il pourrait être intéressant que la version 2020 du Guide réintègre cette référence pour consacrer son éligibilité, sujet sur lequel il y a un consensus en pratique avec l’Administration fiscale.

Cela concourrait à faciliter et à sécuriser la valorisation du CIR des contribuables sur cette question.

Cotisations sociales obligatoires

Nous recommandons une officialisation position sur les nouvelles cotisations sociales obligatoires : nouvelle Contribution d’Equilibre Général (CEG) et Contribution d’Equilibre Technique.

Sur la veille technologique

Il ressort de la pratique des contrôles que le MESRI et l’administration fiscale exigent qu’il existe un lien entre les dépenses de veille technologique et les projets valorisés au CIR la même année.

Or, selon la définition donnée par la loi et la doctrine, « la veille technologique est un processus de mise à jour permanent ayant pour objectif l'organisation systématique du recueil d'informations sur les acquis scientifiques, techniques et relatifs aux produits, procédés, méthodes et systèmes d'informations afin d'en déduire les opportunités de développement. »

Il ressort donc de cette définition que la veille technologique consiste en une opération qui doit être nécessairement menée en amont des dépenses de recherche, le rattachement systématique à un projet de R&D étant en pratique impossible dans certains cas.

Dès lors, le Guide pourrait préciser ce point qui est source d’un nombre non négligeable de remises en cause lors des contrôles fiscaux.

Également, toujours dans un but de clarification et d’amélioration de la lisibilité des préconisations du Guide, nous pensons que les restrictions liées à la nature de tâches composant la veille technologique (par exemple le temps de personnel) devraient être révisées, afin d’assurer la cohérence entre la définition de l’activité de veille technologique et les tâches qui la composent, tout en obligeant à une traçabilité de ces temps, nécessaire pour réaliser l’étape du contrôle du CIR.

^[1] Même s’il n’a aucune valeur normative, il est un outil éclairant et auquel se réfèrent les experts du MERSI notamment dans le cadre de leurs expertises

^[2] Paragraphe 310 et suivants du BOI-BIC-RICI-10-10-10-20

^[3] BOI-BIC-RICI-10-10-20-40-20140404 §30